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重大飞行事故罪与暴力危及飞行安全罪的主要区别在于:(1)犯罪主体不同。重大飞行事故罪的犯罪主体是特殊主体，仅限于航空人员，暴力危及飞行安全罪的犯罪主体是一般主体，而且实践中一般为航空人员以外的人。（2）犯罪客观方面不同。重大飞行事故罪表现为航空人员违反规章制度，发生重大飞行事故，造成严重后果的行为;暴力危及飞行安全罪则表现为对飞行中的航空器上的人员使用暴力，危及飞行安全的行为。（3）构成犯罪的要求不同。重大飞行事故罪要求行为人实施违章行为之外，还必须发生特定的重大飞行事故或严重后果，方可构成犯罪;暴力危及飞行安全罪是危险犯，犯罪的成立并不要求出现实际的严重后果，只要对飞行中的航空器上的人员使用暴力，危及飞行安全的，即可构成犯罪，如果出现了实际的严重后果，则构成结果加重犯，在较重的量刑档次内裁量刑罚。(4)犯罪主观方面不同。重大飞行事故罪是过失犯罪，在主观方面表现为过失;暴力危及飞行安全罪是故意犯罪，在主观上表现为故意。